parallel-search

利用 Agent 的並行呼叫能力來加速文獻搜尋，提高覆蓋率。

核心概念：

1. 預設搜尋策略（日期、排除詞、文章類型）
2. 策略工具返回多組搜尋語法（自動整合策略設定）
3. Agent 並行呼叫搜尋工具
4. 合併工具整合結果

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🔍 pubmed-search MCP 搜尋工具

| 工具 | 用途 | 關鍵參數 |

|------|------|----------|

| generate_search_queries | 從主題生成 MeSH + 同義詞材料 | topic, strategy, check_spelling |

| search_literature | 執行 PubMed 搜尋（可並行多次）| query, limit, min_year, article_type |

| merge_search_results | 合併多組搜尋結果並去重 | results_json |

| expand_search_queries | 結果不足時擴展搜尋 | topic, expansion_type |

| parse_pico | 解析 PICO 臨床問題 | description 或 p, i, c, o |

📊 結果處理工具

| 工具 | 用途 | 關鍵參數 |

|------|------|----------|

| fetch_article_details | 取得完整文章資訊 | pmids (逗號分隔) |

| get_citation_metrics | 取得 iCite 引用指標 (RCR) | pmids, sort_by, min_rcr |

| find_related_articles | 找相似文章 | pmid |

| find_citing_articles | 找引用此文章的研究 | pmid |

💾 Session 管理工具

| 工具 | 用途 | 說明 |

|------|------|------|

| get_session_pmids | 取得 session 中的 PMID | search_index=-1 取最近搜尋 |

| get_session_summary | 查看 session 狀態 | 確認快取和搜尋歷史 |

| list_search_history | 列出搜尋歷史 | 回溯過往搜尋 |

📚 儲存文獻工具（⚠️ 注意優先級）

| 工具 | 資料來源 | 使用時機 |

|------|----------|----------|

| save_reference_mcp | pubmed-search HTTP API | 永遠優先使用 ✅ |

| save_reference | Agent 傳遞 | 僅當 API 不可用時 fallback ⚠️ |

Step 0: （可選）設定搜尋策略

```

呼叫：configure_search_strategy(criteria_json={

"date_range": "2019-2024",

"exclusions": ["animal", "review"],

"article_types": ["Clinical Trial", "Randomized Controlled Trial"]

})

```

Step 1: 生成搜尋策略

```

呼叫：generate_search_queries(

topic="remimazolam ICU sedation",

strategy="comprehensive",

use_saved_strategy=True

)

```

返回 5 組 queries，策略已自動整合。

Step 2: Agent 並行執行搜尋

Agent 看到 instruction 後，會並行呼叫：

```xml

search_literature

{"query": "...", "limit": 20}

search_literature

{"query": "...", "limit": 20}

```

Step 3: 合併結果

```

呼叫：merge_search_results(results_json='[

{"query_id": "q1_title", "pmids": ["123", "456"]},

{"query_id": "q2_tiab", "pmids": ["456", "012"]}

]')

```

返回去重後的結果，標記高相關性文獻（出現在多個搜尋中）。

當初始搜尋結果不夠時：

```

Phase 1: 初始搜尋

→ generate_search_queries(topic="...")

→ 並行執行 5 組查詢

→ merge_search_results → 只找到 15 篇，不夠！

Phase 2: 擴展搜尋

→ expand_search_queries(

topic="...",

existing_query_ids="q1,q2,q3,q4,q5",

expansion_type="synonyms"

)

→ 並行執行新查詢

→ merge_search_results → 共 32 篇

Phase 3: 如果還不夠

→ expand_search_queries(..., expansion_type="related")

→ 繼續...

```

擴展類型選擇指南

| 情況 | expansion_type | 預期效果 |

|------|----------------|----------|

| 擔心遺漏不同術語 | synonyms | sedation → conscious sedation |

| 想找類似比較研究 | related | remimazolam → propofol |

| 結果太少 | broader | 使用 OR、移除限制 |

| 結果太多 | narrower | 限定 RCT、最近 2 年 |

```

generate_search_queries(topic)

│ 5 組查詢

▼

並行執行 search_literature

│

▼

merge_search_results

│

▼

┌───────┴───────┐

│ 結果足夠嗎？ │

└───────┬───────┘

│ No

▼

expand_search_queries(type=...)

│ 新查詢

▼

並行執行新查詢

│

▼

merge（含所有結果）

│

└──→ 重複直到足夠

```

1. 更快：多個搜尋同時執行
2. 更全面：不同角度的關鍵字組合
3. 可追蹤：知道每篇文獻來自哪個搜尋
4. 可重現：策略被記錄下來
5. 策略整合：日期/排除詞自動套用

---

完成搜尋和篩選後，儲存選中的文獻：

```

# ✅ PRIMARY：使用 MCP-to-MCP 驗證（永遠優先）

呼叫：save_reference_mcp(

pmid="12345678",

agent_notes="Key paper on parallel search methodology"

)

# ⚠️ FALLBACK：僅當 pubmed-search API 不可用時

呼叫：save_reference(article={完整 metadata dict})

```

為什麼 save_reference_mcp 優先？

• save_reference_mcp：mdpaper 直接從 pubmed-search API 取得驗證資料，Agent 無法篡改
• save_reference：Agent 傳遞 metadata，可能被修改或幻覺

---

搜尋結果自動暫存在 session 中，不需要記住所有 PMID：

```

# 取得最近搜尋的 PMID

呼叫：get_session_pmids(search_index=-1)

# 取得前一次搜尋的 PMID

呼叫：get_session_pmids(search_index=-2)

# 在其他工具中使用 "last" 快捷方式

呼叫：get_citation_metrics(pmids="last", sort_by="relative_citation_ratio")

呼叫：prepare_export(pmids="last", format="ris")

```

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• literature-review - 完整的文獻回顧流程
• concept-development - 搜尋後發展概念